В реальной речи звуки произносятся по-разному, это зависит от индивидуальных особенностей говорящего, его социальной и территориальной принадлежности, позиционных условий произнесения звука. Изменения звука, вызванные какими-либо соседними звуками, называются комбинаторными. Сближение артикуляции двух звуков называется аккомодацией, например, в романских языках, а также в праславянском языке заднеязычные согласные, оказавшись перед гласным переднего ряда, превращались либо в шипящие, либо в среднеязычные аффрикаты, либо в щелевые: проникать, проницательный, дрогнуть – дрожать и под. Уподобление звуков друг другу называется ассимиляцией, например, сжать [жжат’], лат. affere из ab-fere. В ряде случаев наблюдается обратный процесс – диссимиляция – расподобление звуков со сходной артикуляцией: рус. что [што]. Ассимиляция встречается как у гласных звуков, так и у согласных; диссимиляция встречается гораздо реже.

Чередования звуков довольно таки регулярно наблюдаются в языке, например, в русском языке все гласные звуки (кроме У) в безударной позиции способны чередоваться друг с другом, звонкие согласные чередуются с глухими, твердые с мягкими. Однако, несмотря на это, люди все-таки отождествляют звуковые комплексы в слова и морфемы. Приведем следующие примеры: в словах стол и на столе корневой гласный и конечный согласный произносятся по-разному, также различные гласные произносятся в следующих словах: пять, без пяти, пятизначный; а в словах зуб – зубы, снег – снега по-разному произносятся конечный согласный. Для того чтобы понимать звучащую речь, необходимо отождествлять значимые единицы языка по значению и по звучанию. В указанных словах звуки позиционно чередуются, то есть меняются, но их взаимная мена закономерна и зависит от фонетической позиции, то есть конкретных условий произнесения.

Звуки, которые позиционно чередуются, существуют в языке как тождество, ряд позиционно чередующихся звуков называется аллофонами, а единица языка, представленная рядом аллофонов – фонемой. Фонема противопоставлена звуку как единица языка единице речи, именно благодаря фонемам мы различаем и отождествляем слова и морфемы, фонема является функциональной единицей языка, так как различает слова. Основной принцип выделения и анализа фонем формулируется так: если в данном языке различия между двумя данными звуками позволяет различать разные слова или разные грамматические формы, эти звуки относятся к разным фонемам. Так, фонема < a > в русском языке представлена следующими аллофонами [а, Λ, ъ, и, ь], сравните в следующих словах: вал, на валу, валовой, пять, без пяти, пятитонка [в`ал, нъвΛ`лу, вълΛв`ой, п’ат’, б’ьсп’и`т’и, п’ьт’и`тонкъ], фонема <д> - следующим рядом аллофонов [д, д’, т], например: лед, ледяной, на льду [л’от, л’ьд’и`ной, нΛ`л’ду]. Фонема <O> в безударной позиции в русском языке совпадает с фонемой <a>, а фонема <д> в позиции конца слова совпадает с фонемой <т>. Такое явление называется нейтрализацией. Нейтрализация – это неразличение нескольких фонем в определенной фонетической позиции.

Следовательно, все фонетические позиции можно разделить на те, в которых происходит нейтрализация (слабые позиции), и те, в которых не происходит нейтрализация (сильные позиции). Так, для большинства гласных в русском языке сильной является позиция под ударением, а слабой – без ударения; у согласных также отмечаются свои позиции: у звонких согласных слабой является позиция на конце слова и перед глухим согласным, сильной – позиция перед гласным.

Фонема всегда называется по той разновидности, которая выступает в сильной позиции. Если ряд позиционно чередующихся звуков является общим для нескольких фонем, а сильная позиция в данном случае отсутствует, то такая единица называется гиперфонемой. Например, для безударных гласных в слове карандаш отсутствуют сильные позиции, то же следует сказать и о начальной и конечной согласной в слове вдруг, сравните фонетическую и фонематическую транскрипцию этих слов: [кърΛндаш, вдрук] , <к а/о р а/о н д а ш, в/ф д р у г/к>. (Фонетическая транскрипция осуществляется в квадратных скобках, а фонологическая транскрипция в ромбовидных скобках).